Sous sa forme juridique actuelle, la gouvernance de l’UMA est structurée autour de deux axes.
• un axe administratif fonctionnel
• un axe consultatif scientifique et pédagogique.

L’axe administratif est une organisation hiérarchique comprenant :
• la Direction générale
• La Direction générale adjointe
• Les Directions centrales (Affaires académiques, Recherche, Scolarité, Affaires administratives et financières, Formation continue et coopération, Affaires étudiantes).

L’axe consultatif scientifique et pédagogique comprend :
• le Conseil consultatif
• le Comité de direction
• les Conseils de facultés
• le Comité scientifique
• les comités pédagogiques.

Services
Service des ressources humaines
Le service de recrutement est en charge du recrutement de nouveaux étudiants. Il s’occupe des activités suivantes : Accueil et informations Orientations des bacheliers et étudiants Visites des établissements secondaires Organisation de la journée « portes ouvertes » Participation aux journées carrières Communication publicitaire.

Service de la scolarite
La direction de la scolarité offre les différents services suivants : Gestion des admissions et inscriptions Gestion de l’archivage des dossiers et de la base des données sur les étudiants Organisation des examens en relation avec les départements Suivi du parcours des étudiants Délivrance des bulletins et diplômes Organisation des cérémonies de collation de grade.

Service administratif
La direction de la scolarité offre les différents services suivants : Gestion des admissions et inscriptions Gestion de l’archivage des dossiers et de la base des données sur les étudiants Organisation des examens en relation avec les départements Suivi du parcours des étudiants Délivrance des bulletins et diplômes Organisation des cérémonies de collation de grade .Service des ressources humaines Recrutement du personnel Gestion de la paie Evaluation et suivi de la performance du personnel Gestion des dossiers du personnel Gestion des relations avec les partenaires sociaux (CNPS, AGEPE, FDFP, etc.) Gestion de la communication interne et règlement des conflits Gestion des relations avec les prestataires de services Gestion de la formation du personnel (habilitation FDFP)

Soutien à l’apprentissage
Pour assurer le succès de ses étudiants, l’UMA a mis en place un système d’encadrement rapproché de ces derniers. Cet encadrement intervient à trois niveaux : Les enseignants ; Les auxiliaires d’enseignement ; et Les responsables pédagogiques. Les enseignants dans leurs interactions avec les étudiants doivent faire l’effort de les amener tous à assimiler les enseignements. Ils doivent également exiger d’eux des travaux qui facilitent justement l’assimilation des cours. Les auxiliaires d’enseignement encadrent les étudiants dans la réalisation des travaux personnels auxquels ils sont astreints pour la compréhension des cours. Au cours de ces deux précédentes étapes, les étudiants ayant des difficultés sont identifiés et en collaboration avec les responsables pédagogiques des niveaux et des filières, des programmes de tutorat sont mis en place au bénéfice de ces étudiants. Un autre moyen d’encadrement est la mise en ligne des cours dans le cadre du e-learning. Les étudiants doivent obligatoirement faire les exercices mis en ligne (avec leurs corrigés intégrés) qui leur permettent de s’auto-évaluer et reprendre la révision du cours en fonction des résultats.

Conseil de gestion

Pour son administration, l’Université Musulmane Africaine (UMA) dispose de structures de gouvernance administrative et de structures de gouvernance académique. Ces structures sont placées sous l’autorité de l’associé unique assisté d’un collège des conseillers.
Le conseil de l’associé unique a pour missions :
- l’adoption du règlement intérieur de l’Université ;
- l’autorisation du recteur de l’Université à engager toute action en justice et à signer des accords et des conventions ;
- l’adoption du plan stratégique de développement de l’Université ;
- l’adoption des statuts et leur modification ;
- l’approbation du budget et le contrôle des comptes de l’Université.
Les structures de gouvernance administrative et académique de l’UMA sont:
- un Rectorat ;
- un Conseil d’Université ;
- des Directions Centrales.

Recteur

L’Université Musulmane Africaine (UMA) est dirigée par un Recteur. Il est nommé par le Représentant du Conseil Supérieur des Imams en Côte d’Ivoire (COSIM) parmi les Professeurs Titulaires ou les Directeurs de Recherche ayant une expérience établie. Le Recteur est le responsable de la gouvernance administrative et académique de l’Université. Ainsi, il dirige l’Université sur le plan administratif, financier, académique et culturel. Le Recteur est garant de la qualité, de la crédibilité des formations et des diplômes de l’Université ainsi que de la mise en œuvre de la politique de recherche.

Le Conseil de l’Université

Le Conseil de l'Université Musulmane Africaine statue sur la politique de l'Université et délibère notamment sur :

- L’organisation générale des études, ainsi que sur les programmes de formation, de recherche, de production scientifique et de coopération internationale ;
- La création, la suppression ou la modification de programmes de formation et de recherche ;
- Il adopte le Règlement Intérieur de l'Université et approuve ceux des Conseils des Unités de Formation et de Recherche, des Ecoles ou des Centres de Recherche.
- Il exerce, en premier ressort, le pouvoir disciplinaire à l'égard des responsables administratifs, techniques, pédagogiques, des enseignants-chercheurs, des chercheurs et des étudiants. En dernier ressort, c’est le conseil de l’associé unique qui délibère.

Vice-Recteur

Vice-recteur et d’un Secrétaire Général assistent le Recteur. Ils sont chargés de suivre, sous son autorité, les activités afférentes aux domaines de la gouvernance académique et de la gouvernance administrative. Le Vice-recteur assure la coordination des directions et des services chargés de la gouvernance académique (pédagogie, recherche, relations extérieures). Il assure l’intérim du Recteur de l'Université Musulmane Africaine en cas d’absence de celui-ci.

Le Secrétaire Général

Le Secrétaire Général est chargé d’assurer la coordination de la direction chargée de l’administration. Il est responsable de la Direction des ressources humaines et de la Direction des Finances et des moyens Généraux.

Le Directeur de la Pédagogie et de la recherche
Il a en charge :

- La confection de la maquette pédagogique ;
- La programmation et la gestion des enseignements et des évaluations ;
- La programmation de la recherche ;
- La professionnalisation, les stages et l’insertion professionnelle ;
- La documentation et l'Information Scientifique et Technique ;
- La gestion des Unités de Formation et de Recherche.

Le Directeur de la Scolarité et de la Vie Universitaire
Il a en charge :

- L’information et l’orientation des étudiants ;
- La gestion des effectifs ;
- Le cursus académiques et diplômes ;

Le Directeur des Ressources humaines
Il a pour missions :

- Le recrutement et suivi des carrières du personnel non enseignant ;
- La gestion du personnel enseignant-chercheur et chercheur ;
- La gestion du service médical et social ;
- La gestion du service d’hygiène et de sécurité.

Le Directeur des Finances et des Moyens Généraux
Il se charge de la gestion :

- Des finances et de la comptabilité ;
- Du patrimoine et de la maintenance ;
- La maintenance des infrastructures et des équipements ;
- Des ressources informatiques et technologiques.

Le Directeur des Finances et des Moyens Généraux
Il se charge de la gestion :

- Des finances et de la comptabilité ;
- Du patrimoine et de la maintenance ;
- La maintenance des infrastructures et des équipements ;
- Des ressources informatiques et technologiques.